Sono tanti i misteri nascosti nella secolare abbazia di San Giovanni in Venere ai quali è difficile dare una spiegazione.
Uno di questi, recentemente scoperto dal compianto storico passionista padre Teotimo (al secolo Giulio Di Nicola), è celato in un buco situato all'esterno dell'abside sinistra del monastero benedettino. Basta guardare all'interno della piccola cavità per scorgere, nella parte alta, il frammento di uno strano oggetto in pietra, originariamente di forma circolare, che farebbe pensare ad una sorta di oroscopo.
Il manufatto apparteneva probabilmente all'antico tempio pagano, sui cui resti venne in seguito edificato il primo impianto abbaziale intorno alla prima metà del VI secolo d.C.
Diverse strutture dell'attuale basilica, come ad esempio il colonnato della cripta, sono infatti costituite da materiale proveniente appunto dal tempio pagano. Un altro strano oggetto in pietra è incastonato invece in una delle pareti esterne del cenobio, e più precisamente a sinistra del portale laterale normalmente utilizzato per l'accesso alla basilica. La figura è una sorta di maschera antropomorfa messa lì non si sa da chi e per quale motivo.
Anche l'altorilievo del Portale della Luna nasconde una figura misteriosa sul lato destro, nella parte alta e nello spessore della scultura. Si tratta della raffigurazione di un ignoto personaggio che regge nella mano destra una palma e che probabilmente rappresenta la "firma" dell’autore dell'opera scultorea.